投标废标对员工的处罚主要依据《劳动合同法》第三十九条的规定，具体情形包括：
严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害：
在这种情况下，用人单位可以依法解除劳动合同，且无需支付经济补偿。员工还需对自己给公司造成的损失承担损害赔偿责任。
工作不力造成废标：
如果投标废标是由于员工工作不力造成的，用人单位可以根据实际情况给予一定的处罚。处罚方式可以包括处罚一定比例的工资、扣一定比例的年终奖，或者以单位名义给出批评处罚通告。
失职责任人员的责任追究：
对于招标文件被判定为无效标的情况，其相应的惩罚措施主要针对失职的责任人员进行责任追究，并由所在企业或组织进行严肃处理。法律依据为《招标投标法》第四十二条和第五十二条。
建议
明确责任：首先需要明确投标废标的具体原因，区分是员工严重失职还是其他原因导致。
依据制度：根据公司内部的规章制度和相关法律法规，确定具体的处罚措施。
公正透明：确保处罚过程公正、透明，避免引发员工的不满和争议。
教育培训：对于因工作不力导致废标的员工，除了处罚外，还应加强教育和培训，帮助其改正错误，防止类似情况再次发生。
通过以上措施，既能维护公司的利益，又能促进员工的个人成长和改正错误。
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