农村房屋的管理主要由 国土部门负责。具体来说，国土部门承担着农村房屋的登记、确权、发证以及违法建筑的查处等工作。在处理农村房屋相关问题时，如产权纠纷、建设规划等，可以向国土局进行咨询或申请处理。
此外，根据最新的政策和法规，农村房屋产权的管理也归属于国土部门。国土部门负责土地管理和房地产管理，包括房屋产权登记、宅基地审批、房屋建设规划等一系列与农村房屋管理相关的工作。
因此，无论是从历史还是现行的管理架构来看，农村房屋的管理部门都是国土部门。如果需要办理农村房屋的产权证或其他相关手续，建议联系当地的国土部门或前往其窗口进行咨询和办理。
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