处理扣押证明的方法如下：
与单位协商
首先可以与单位进行协商，了解扣押证书的具体原因和情况，尝试通过协商解决问题。如果是因为证书上存在问题或需要进行公示等手续，可以协商解决。
向有关部门投诉
如果单位不予配合或拖延时间，可以向有关部门投诉，例如工商行政管理部门、检察机关等，要求其介入处理。
通过法律途径解决
如果以上措施无法解决问题，可以通过法律途径解决。可以向人民法院提起民事诉讼，要求单位归还证书，并要求其承担相应的法律责任。
搜集证据
若证件遭到不法分子非法扣押，应当尽全力搜集有关证据，例如能证实证件遭扣押及涉事人员身份等相关详细信息。
与扣押者沟通协商
在隐私得到保障的前提下，尝试与证件扣押者进行沟通协商，请求其无条件返还证件，并明确告知其此类行为已经违法。
向公安部门报告
如果经过沟通后仍无法使问题得以解决，可以向公安部门报告此事件，寻求公权力机构的协助与干预。
提起诉讼
向地方各级人民法院提起诉讼，利用法律武器维护自身权益，要求侵权者返还证件，并有可能主张因证件被强行扣押而造成的经济损失。
劳动监察部门投诉
公司扣押证件是违反相关规定的，可以去劳动监察部门投诉。用人单位在招聘阶段需要通过居民身份证核实劳动者的身份，需要通过相应技能证书核实劳动者具有的相关资格和技能，核实以后用人单位就应当归还这些证件。
建议根据具体情况选择合适的处理方式，尽量通过协商和法律途径解决问题，以保护自己的合法权益。
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