部队协助调查的时间限制如下：
一般不超过24小时：
在大多数情况下，部队协助调查的时间不会超过24小时。如果案件情况复杂或需要进一步调查，可能会申请延长至48小时。
特殊情况下的延长：
在某些特殊情况下，经过申请和批准，协助调查的时间可以延长至48小时。
法律依据：
相关法律规定，如《治安管理处罚法》和《刑事诉讼法》，对协助调查的时间有明确的规定，确保在合法合规的范围内进行。
综上所述，部队协助调查的时间通常不超过24小时，但在特殊情况下，经过申请和批准，可以延长至48小时。
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