对于证据不足的刑事案件，应当在 两个月内撤案。具体程序如下：
人民检察院审查案件：
人民检察院在审查案件时，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。如果认为可能存在以非法方法收集证据的情况，可以要求公安机关对证据收集的合法性作出说明。
补充侦查：
如果需要补充侦查，案件应当在一个月内补充侦查完毕，且补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院将重新计算审查起诉期限。
作出不起诉决定：
对于经过二次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，应当作出不起诉的决定。
审判阶段：
在审判阶段，如果人民检察院在人民法院宣告判决前发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。撤回起诉后，人民检察院应当在三十日以内作出不起诉决定。
综上所述，证据不足的刑事案件应在两个月内撤案，具体操作需遵循《刑事诉讼法》的相关规定。
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